多年来，南京工程公司坚持把科技创新作为支撑引领发展的第一动力，强化与产业链、生态链上优秀企业、头部企业的全面合作，大力开拓化工新材料、新能源、绿色低碳等市场，推动境内市场布局向差异化、高端化延伸，以优势技术拓宽业务领域，多渠道培育新的效益增长点，在传承与创新中让企业特色更鲜明。

    在此基础上，南京工程公司加快技术进步应用，煤化工、环境工程、硫酸磷肥、苯化工及精细化工等传统优势技术迭代升级，硫酸磷肥技术引领行业，走出国门；超洁净硫黄回收技术实现“近零排放”；大力拓展绿氢绿氨市场，开展绿氨核心技术攻关和工业化应用技术开发，形成支撑零碳发展的“绿电+绿氢+绿色甲醇”产品和解决方案；大型储罐自动焊、球罐全位置自动焊接技术位于国内领先水平。

    截至2023年末，该公司已经拥有工艺设计包40余项，有效专利475件，其中发明专利89件；拥有国家级工法7项，集团公司级工法20项，企业级工法72项。

    经过多年探索，南京工程公司通过建立健全技术创新体系及创新责任体系，形成以技术委员会为决策层，业务部门为管理层，各基层单位、创新工作室为科技研发和成果转化应用执行层的科技创新体系；将特色化、差异化作为高质量发展的战略支撑，瞄准行业走势和市场需求，加大自主创新和联合攻关，与清华大学、四川大学等高校院所开展技术交流、协同创新，技术开发工作呈现重点突破、系统提升的良好态势；坚持贴近主业，以新材料、特种化学品为重点，开展集成创新和工程转化，多个课题通过集团公司科技部审查，进入工程转化实施阶段。