●1954年，南京工程公司前身之一——燃料工业部石油管理总局东北建筑安装工程公司正式成立，是新中国最早组建的炼油厂建设专业公司之一。

    ●1958年，伴随着层卷板式氨合成塔等高压设备开发成功，周恩来总理颁布嘉奖令，化工部氮肥工业设计院南京设计分院（南京工程公司另一前身）成立，是全国硫酸磷肥设计技术中心院。

    ●1965年，建成流化催化裂化、铂重整和延迟焦化等3套装置以“五朵金花”命名的科技攻关项目。

    ●1967年，历时18个月建成我国第一座250万吨/年炼油厂——山东胜利炼油厂一期工程，创出施工新纪录。

    ●1974年，完成国家引进的13套大化肥项目中南京栖霞山化肥厂、湖南洞庭化肥厂设计任务，支持粮食单产水平大幅提升。

    ●20世纪80~90年代，承建的安庆石化催化裂解联合装置、扬子石化乙烯低温储存装置、齐鲁石化乙烯装置荣获中国建筑行业最高奖项“鲁班奖”。扬子石化乙烯工程总体设计荣获国家优秀设计奖。

    ●2004年起，两家单位陆续在广州石化硫黄回收、福建炼化硫黄回收、扬巴BCC锅炉等总承包项目上，联合组建项目管理团队，并在此基础上探索双方的进一步整合。

    ●2005年，成功联合承揽沙特延布聚烯烃总承包项目，拉开了开拓海外市场的序幕。

    ●2005年，24万吨/年磷铵国产化装置、大型料浆浓缩法磷铵国产化装置荣获国家科技进步二等奖。

    ●2009年，重组成立中石化南京工程有限公司，明确以设计、工程项目总承包（EPC）和核心专业施工为主体，以专利、专有技术和工艺包为核心，面向国内外市场提供技术和管理服务的综合性、一体化国际工程公司。

    ●2013年，承建的镇海炼化100万吨/年乙烯工程获评国家优质工程金质奖。

    ●2017年，承建的沙特北部磷酸公用工程项目首次获沙特优秀中资项目荣誉称号。

    ●2021年，参与设计的国内首套具有自主知识产权的气基直接还原铁装置产出合格产品。

    ●2023年，参与设计的亚洲最大火电CCUS（碳补集、利用与封存）项目顺利投产。南京工程公司被认定为江苏省CCUS工程技术研究中心、江苏省碳原子经济性绿色化工工程研究中心。